双非普通二本软件工程专业大三学生，想毕业去日本读设计类（书籍 杂志排版之类）可以么，如果可以应该大致如何准备？

几乎不是太现实。
日本转专业的话，通常是在同专业内部大类相关的，当然理工科也可以转文科，文科内部之间转专业难度都不大的。
但是软件专业想学设计去考研究生太难，本身艺术类就比较注重一贯制，况且，日本的设计类修士考试的时候通常需要准备好作品集。
还是好好学好本专业吧，计算机专业在日本太容易找到工作了，学一个自己吧擅长的东西到毕业了什么也没学好，不合算。